A zuzmókat sokáig a növényvilág törzseként rendszerezték. A zuzmók összetett voltuk miatt önállóan nem rendszerezhetők, összetevőik rendszertani helyzete azonban megállapítható. A zuzmógombákat a gombarendszerben helyezhetjük el. A zuzmókat a gombapartner alapján nevezzük el, mivel annyi zuzmót különböztetünk meg, ahány zuzmógomba fajt ismerünk.
A taxonok meghatározásában a vegetatív telep és a termőtestek morfológiai és anatómiai tulajdonságai játsszák a legfontosabb szerepet. Ehhez nagyítóra és mikroszkópokra van szükség. Ezen kívül a zuzmóanyagok, mint kemotaxonómiai indikátorok kimutatása is gyakran elkerülhetetlen. Ezek a vegyületek legegyszerűbb módon cseppreakciók alapján mutathatók ki. Három vegyszer (10%-os KOH, NaOCl – háztartási hypo, parafenilén-diamin) rutinszerű alkalmazása szerepel a gyakorlatban.
Gombafonalak és moszatsejtek kapcsolata Apotécium